FTA 피해보전제도는 2004년 한-칠레 FTA를 계기로 제정된 ‘자유무역협정 이행에 따른 농업인 등의 지원에 관한 특별법’ 제6조에 따라 자유무역협정의 이행으로 수입량이 급격히 증가하여 가격 하락의 피해를 입은 품목의 생산자에게 가격 하락의 일정 부분을 지원함으로써, 농업인 등의 경영안정을 도모하고 피해를 보전하고자 마련된 제도이다.

지원 가능한 품목은 협정에 따라 관세가 감축 또는 철폐되거나, 관세할당물량이 증가한 농산물로 FTA 이행에 따른 수입 증가로 국내 농산물 가격이 90% 이하로 하락할 경우 하락분 차액의 90%를 보전해 주는 제도로 매년 지원 대상 품목은 지원 가능 품목 중 자유무역협정 이행에 따른 농업인등 지원센터의 조사·분석과 자유무역협정 이행에 따른 농업인등 지원위원회의 심의를 거쳐 농림축산식품부장관이 피해보전직접지불금 지원 대상 품목으로 선정한 품목이 해당된다.

FTA 피해보전직불금 대상 품목이 2013년도 처음으로 한우에 시행된 이후 2014년 농작물 중 수수와 감자, 고구마가 선정되어 대상 품목 수입으로 2013년에 가격하락 피해를 입은 농업인과 법인에 대해서 2014년 8월중에 신청을 받아 12월에 해당 농가에게 보조금을 지급하였다.

2014년 신청대상은 농업경영체로 등록된 자로서 수수, 감자는 한-미 FTA 협정 체결일인 2012년 3월 14일 이전, 고구마는 한-아세안 FTA 협정 체결일인 2007년 5월 31일 이전부터 해당품목을 생산했던 농업인과 법인이 해당 되었으며 신청할 때 해당품목 생산을 입증하는 거래영수증이나 마을통장이 확인한 생산사실 확인서, 2013년 판매기록 증명서, 생산지확인서 등을 첨부해 동해시농업기술센터에서 접수를 받았다.
지원금액은 산출기준과 지급단가, 조정계수 등에 따라 결정되었으며 지급한도는 농업인의 경우 최고 3,500만원, 농업법인은 최고 5,000만원까지이고, 2개 품목 이상 생산하는 경우에는 품목별로 각각 신청을 받아 지원했다.

올해도 자유무역 협정으로 농산물 가격하락 피해가 발생할 경우 농림축산식품부 자유무역협정 이행에 따른 농업인등 지원위원회의 심의를 거쳐 피해보전직접지불금 지원 대상 품목으로 선정하여 농업인이 경영안정을 도모하고 피해를 보전할 수 있는 제도로 정착 하여 나갈 계획이다.